โรค Aspergillus เป็นโรคเชื้อราที่เกิดขึ้นในอาหารหมักซึ่งอาจทำให้อาหารเปลี่ยนสีเน่าและผลิตสารพิษ วิธีการป้องกันและควบคุม aspergillosis คือการคัดกรองและทำความสะอาดวัตถุดิบอย่างเคร่งครัดก่อนทำอาหารและเก็บไว้อย่างน้อย 48 ชั่วโมงก่อนการประมวลผลและการผลิตซึ่งสามารถลดมลพิษได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในระหว่างกระบวนการผลิตยาฆ่าเชื้อและสารต้านเชื้อแบคทีเรียที่คล้ายกับที่จำเป็นสำหรับการผลิตปลอดเชื้อเช่นฟอร์มัลดีไฮด์และโซเดียมเบนโซเอตสามารถเพิ่มแบคทีเรียและเชื้อราส่วนใหญ่ได้

| แบบอย่าง | ความจุ | พลัง | มิติ | น้ำหนัก |
| 125 | 80-100 kg/h | 3kW | 110*35*70 ซม. | 95 กิโลกรัม |
| 150 | 120-150 kg/h | 4kW | 115*35*80 ซม. | 100 กิโลกรัม |
| 210 | 200-300 kg/h | 7.5kW | 115*45*95 ซม. | 300 กิโลกรัม |
| 260 | 500-600 kg/h | 15kW | 138*46*100 ซม. | 350 กิโลกรัม |
| 300 | 700-800 kg/h | 22kW | 130*53*105 ซม. | 600 กิโลกรัม |
| 360 | 900-1000 kg/h | 22kW | 160*67*150 ซม. | 800 กิโลกรัม |
| 400 | 1200-1500 kg/h | 30kW | 160*68*145 ซม. | 1200 กิโลกรัม |
นอกเหนือจากเชื้อราแล้วแบคทีเรียชนิดต่าง ๆ ในอาหารหมักยังสามารถทำให้เกิดโรคจุลินทรีย์ซึ่งพบได้บ่อยที่สุดคือโรคแบคทีเรียกรดบิวริค แบคทีเรียกรด Butyric เป็นแบคทีเรียที่เป็นกรดที่สามารถทวีคูณได้อย่างรวดเร็วและผลิตสารที่เป็นอันตรายจำนวนมากซึ่งนำไปสู่ความล้มเหลวในการหมัก วิธีการป้องกันโรคแบคทีเรียกรด butyric คือการควบคุมอุณหภูมิและความชื้นอย่างเคร่งครัดเมื่อทำอาหารเพื่อหลีกเลี่ยงความชื้นที่มากเกินไปหรือความแห้งมากเกินไป ในเวลาเดียวกันการเพิ่มจุลินทรีย์กรดหมักสามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียกรดบิวริคได้อย่างมีประสิทธิภาพ
โรคราน้ำค้างเป็นโรคที่พบบ่อยในอาหารหมักส่วนใหญ่เกิดจากความชื้นสูงอุณหภูมิสูงและขาดการระบายอากาศ ภายใต้เงื่อนไขเช่นความชื้นสูงอุณหภูมิสูงและขาดการระบายอากาศเชื้อราจะทวีคูณในอาหาร เพื่อป้องกันโรคราน้ำค้างควรเลือกวัสดุที่สะอาดและปราศจากมลพิษเมื่อทำอาหารและวัตถุดิบควรทำให้แห้งกับปริมาณความชื้นที่เหมาะสมและผสมอย่างเต็มที่ นอกจากนี้ยังสามารถเพิ่มการเตรียมกรดโฟลิกเช่น lactococci เพื่อเพิ่มความทนทานของอาหารสัตว์
